”För en bakterienörd är det förstås väldigt spännande”

– Här har vi en bakterie som vi har fått från NÄL, säger biomedicinska analytikern Elisabeth Inganäs.

Hon visar en agarplatta med en bakterieodling på, bläddrar i några papper och berättar vidare:

– Den kommer från ett blodprov som är taget på en patient där man inte riktigt förstår vad som gjort honom sjuk. Här har inte vi heller lyckats förstå vad det är enbart genom att odla, så den gör vi också en sekvensering på, vilket innebär att man tittar på en del av bakteriens genetiska sammansättning. Förhoppningsvis får vi svar under dagen.

Hon visar en annan platta, där hon vet vad som växer.

– Det är Capnocytophaga canimorsus, en bakterie som kan finnas i munnen på hundar, och som kan orsaka sepsis om man blir biten. Det här är en gammal stam, från 1980-talet. Det är en kund som vill köpa några ampuller för forskning och vi hade inte tillräckligt, så jag håller på att odla upp mer.

De uppodlade bakterierna på agarplattorna skrapas bort när de är klara, blandas med en sorts ”buljong”, frystorkas och vacuumförpackas på ampuller. Det händer också att labbet tar fram ampuller med enbart bakteriens DNA, bland annat för företag som inte har möjlighet att odla fram bakterier utan bara vill titta på DNA.

Tyska motsvarigheten har 122 medarbetare

CCUG, eller Culture Collection, University of Gothenburg, är Sveriges enda publika samling av bakteriestammar. De sex medarbetarna är anställda på sjukhuset, inte universitetet, som namnet antyder, men CCUG har en stark forskningsanknytning i en grupp som leds av professor Edward Moore och Roger Karlsson, som forskar på identifiering och karakterisering av bakterier med avseende på till exempel antibiotikaresistens.

– Ur ett internationellt perspektiv är det ovanligt att en sådan här verksamhet inryms i ett sjukhus, de är oftast statliga. Vi är också en ovanligt liten organisation för att sköta en så stor samling. På den tyska stamsamlingen DSMZ är de 122 personer. De fattar inte hur vi löser detta på så få personer, säger Elisabeth Inganäs.

Allt började 1968, när chefen för dåvarande Substratavdelningen började katalogisera och spara bakteriestammar för kvalitetskontroll. Med tiden växte det till ett referenslabb för hela Sverige, och CCUG säljer numera stammar över hela världen. I dag innehåller samlingarna över 60 000 bakteriestammar, som förvaras frystorkade. Många tillhör samma art . Som ett exempel har CCUG 630 olika isolat av bakterien E. coli. På hemsidan kan man söka och se varifrån alla är hämtade – från blod, urin och fekalier hos människor i alla åldrar, men också från blåmusslor, fåglar och råttor. De kommer från hela världen.

Varför behövs så många?

– Det är värdefullt att se hur olika stammar beter sig. Vi har till exempel en variant som vuxit i urinblåsan hos en man som fått antibiotika. Den bakterien hade glömt av hur den egentligen ska bete sig – E. coli ska normalt växa med syre, men den här kunde bara växa utan syre. För en bakterienörd är detta förstås väldigt spännande – och viktigt att kunna visa för våra kunder som ska utveckla vaccin eller diagnostiska metoder, säger Elisabeth Inganäs.

Elisabeth Inganäs tar fram en annan agarplatta där hon håller på att odla en pneumokockbakterie.

– Den här har vi också jättemånga av. Vi säljer mycket till de som utvecklar pneumokockvaccin, alltså vaccin mot lunginflammation. De behöver flera olika sorters serotyper som alla kan orsaka lunginflammation.

Många stammar upptäckta i Göteborg

Det händer att CCUG får in nya stammar från andra labb för identifiering, och sparar dem. Det är också vanligt att forskare och laboratoriepersonal deponerar stammar som de har hittat och identifierat som nya arter, hos CCUG. 200 av stammarna i CCUG är upptäckta i Göteborg och för första gången beskrivna av forskare här.

– Det är ganska sällan vi numera får in nya bakterier som orsakar sjukdomar. Det handlar mer om bakterier som finns i vår miljö eller i våra kroppar, till exempel i tarmarna, som är snälla och bra.

I labbets arkiv finns information om alla bakterier, deras upphov och vad som är gjort med dem. Pärmar täcker hela väggarna. Alltihop håller på att digitaliseras, bland annat eftersom verksamheten planerar att flytta in i byggnaden Sahlgrenska Life när den står klar om några år.

– Men vi tycker att det är väldigt smidigt att ha informationen såhär tillgänglig, säger Elisabeth Inganäs.

Polisen hörde av sig

För några år sedan hörde en polis i Stockholm av sig till CCUG. Ett stort antal politiker hade blivit magsjuka efter ett julbord, och man hade lyckats utröna att det var bakterien Shigella som hade orsakat utbrottet.

– Polisen undrade om vi hade sålt Shigellabakterier och till vilka, eftersom matförgiftningen skulle kunna vara ett planerat brott. Jag kunde snabbt konstatera att vi inte hade gjort det.

I CCUG:s uppdrag ingår också att serva Klinisk mikrobiologi i Västra Götalandsregionen med specialanalyser där sjukhuslabbens egna metoder inte räcker till.

– Kliniska laboratorier på sjukhus har ett slags minimikrav för vad de ska kunna identifiera. De kan identifiera det mesta, men när de inte gör det är vi behjälpliga. Vi kan också göra sekvensering, en genetisk undersökning, som med provet från NÄL, säger Elisabeth Inganäs.

”Får fredagsmys varje dag”

Ytterligare en del av arbetet är att sköta de befintliga stammarna. Somliga klarar inte att ligga frystorkade hur länge som helst, utan måste tas upp och odlas på nytt för att inte dö. För detta ändamål har labbet termostater och andra miljöer där det går att ställa in exakt syrehalt, temperatur med mera – allt beroende på vad bakterien trivs med. Precis i denna ände brukar faktiskt analysarbetet börja – med att man undersöker i vilken miljö bakterien trivs. Elisabeth Inganäs visar en karta som påminner litegrand om sådana som finns i butiker som säljer nagellack. I femtio olika fack ligger små mängder av en viss bakterie, som alla har lite olika förutsättningar.

– Vi börjar alltid med biokemiska undersökningar där vi bland annat kollar vad bakterien kan äta. Gillar de socker? Trivs de i syrerik miljö eller inte? I vilken temperatur växer de? Det brukar kunna ge ganska bra ledtrådar till vad vi ska leta efter. Jag brukar säga att vi behandlar våra bakterier som bortskämda barn, de får fredagsmys varje dag.

De sex medarbetarna på CCUG har arbetat där länge – Elisabeth Inganäs har varit på samma arbetsplats i över tjugo år.

– Det är en ganska svår arbetsplats att vara ny på, men jag tycker att jag har ett väldigt roligt jobb, som den bakterienörd jag är. Jag lär mig något nytt varje dag.