Medarbetare på Sahlgrenska Universitetssjukhuset till final i Sahlgrenska Global Health Hackathon

– Att vi kom till finalen känns som ett erkännande, att det här är något som även andra tror på och det blev startskottet för att expandera och till exempel skaffa kliniska partners. Det blev en möjlighet för oss, men också en möjlighet att visa upp idéer och forskning som kommer från Sahlgrenska Universitetssjukhuset, säger Roger Karlsson.

Sahlgrenska Global Health Hackathon samlade studenter, forskare, yrkesverksamma, innovatörer och passionerade individer från alla industrier för att arbeta med innovativa lösningar på några av världens mest utmanande hälso- och sjukvårdsfrågor.

Arrangemanget gick av stapeln i sex länder på nio olika platser och deltagarna i Sverige, Spanien, Storbritannien, USA, Tyskland och Singapore uppmuntrades att utnyttja personlig medicin, AI och datadrivna lösningar för att katalysera innovativa idéer som tar itu med utmaningarna.

De fem utmaningarna var:

• Jämlik hälsa och tillgång till vård (inklusive hälsoklyftor mellan kön och etnicitet).
• Kontroll av cancer.
• Hälsosamt åldrande och hantering av kroniska sjukdomar.
• Förebyggande och kontroll av infektioner.
• Smart, säker och hållbar vård.

Den 13 oktober hålls finalen i Göteborg i samband med Nordic Life Science-days, och de åtta finallagen kommer presentera sina projekt. Bland dessa återfinns DIA-AID – DIAgnostics of Antibiotic resistant Infections AIded by Artificial Intelligence Deep learning från Göteborg.

Problemet: långsam diagnostik och ökande resistens

Roger Karlsson är initativtagare till DIA-AID som arbetade med utmaningen förebyggande och kontroll av infektioner.

– Problemet jag hade med mig till hackathonet var hur man snabbare kan få reda på vad som orsakar en infektion och vilken typ av antibiotikaresistens som finns hos patienten, säger han och fortsätter:

– Diagnostiken är långsam eftersom odling av prov kan ta flera dagar, ibland till och med veckor och för exempelvis sepsis ökar risken för att patienten ska dö med 7,6 procent varje timma. För en stor andel av invasiva infektioner som lunginflammation och hjärninflammation vet vi heller inte vad som orsakat infektionen.

En del i problematiken är då att patienten får bredspektrumsantibiotika, som är effektiva mot många olika typer av bakterier. Men det kan också orsaka ökad antibiotikaresistens vilket är ett globalt problem. Och att inte veta vad som orsakat en infektion betyder också att patienter behöver ligga inne längre och kan få andra komplikationer.

– Ökad antibiotikaresistens kan leda till att tio miljoner kommer dö per år globalt till 2050, säger Roger Karlsson.

Parallellt med utveckling av odlingsoberoende metoder för identifiering av mikroorganismer och antibiotikaresistens, så är det numera även möjligt att studera patientens immunsvar på infektion med tusentals markörer, i stället för ett fåtal. Eftersom utvecklingen har kommit så långt att det går att göra mätningar på väldigt små blodprov insåg Roger Karlsson en möjlighet till något att ta sig an under Sahlgrenska Global Health Hackathon.

– Det är en väldigt avancerad analys av stora mängder data som krävs, och det skulle behövas någon form av maskininlärning som snabbt kan gå igenom data och med hög sannolikhet ge svar på vad det är för typ av infektion. Det skulle kunna sänka mortaliteten i sepsis, ge kortare sjukhusvistelser, minska användandet av bredspektrumsantibiotika och även spara kostnader.

Samlade olika kompetenser

Till hackathonet tog han med sig Tobias Larsson (senior affärsutvecklare och business coach) som direkt såg potentialen i hur förslaget, som fick namnet DIA-AID, skulle kunna göra betydande förbättringar av sepsisvården och Patrik Selimson (IT-strategi och affärsutveckling). Hanna Tärnåsen och Guilia Testa, som jobbar med AI, hittades genom hackathonets portal och teamet var komplett.

– Att få in AI-kompetensen var avgörande för hur man utvärderar data. Det gjorde att vårt förslag blev trovärdigt och genomförbart.

DIA-AID:s lösning handlar om att kombinera avancerade analysmetoder vilka upptäcker DNA och proteiner från virus, bakterier eller svamp och patientens immunsvar, och med hjälp av AI skapa ett beslutsstöd till de behandlande läkarna. En diagnos kan då ges inom bara några timmar och det blir också möjligt med en personcentrerad bedömning.

– Det är en global utmaning och vi är medvetna om att den lösning vi arbetar med är beroende av teknik som främst finns i Västvärlden, men vi har också undersökt hur vårt arbete kan leda till enklare test som kan appliceras i utvecklingsländer, säger Roger Karlsson.

Sedan gruppen utsågs till finalister har de inte heller legat på latsidan. Teamet har skickar in en Europeisk Horizon-ansökan (en EU-fond som ger medel till innovation och forskning), börjat samarbeta med Chalmers tekniska högskola och Oslos universitetssjukhus. De har också skaffat 15 kliniska partners i 10 europeiska länder.

– Det finns stora skillnader i antibiotikaprofiler i Europa. Exempelvis är det högre grad av antibiotikaresistens i Grekland och med prover därifrån får vi större beslutsunderlag.

Roger Karlsson arbetar också i ett projekt kring sepsis hos förtidigt födda barn, vilket är ytterligare en utmaning eftersom små barn inte kan lämna särskilt mycket blod för testning.

”Vi känner redan att vi har vunnit”

Men nu är det dags för final. Att få vara med i finalen menar Roger Karlsson också ger en möjlighet att visa upp sitt projekt för en större och annorlunda publik, inte minst besökare och utställare under Nordic Life Science-days. Och även om det hade varit kul att vinna är det inte det viktigaste.

– Jag känner redan att vi har vunnit. Vi har skapat uppmärksamhet, vi har fått kontakt med företag och andra parter och många säger till oss att det här ett arbete som måste göras!